בגן הבוטני אנו מטפחים מספר אוספי צמחים יחודיים ומעניינים. האוסף המרכזי בגן הוא הגן האקולוגי על שם נח נפתולסקי, המשתרע על כמחצית משטח הגן ובנוי מחלקות שונות. פרט אליו, ישנם אוספי צמחים יחודיים מכל העולם.