קורסי המדרשה
| Scientific “soft skillsלפיתוח מיומנויות תקשורת מדעית (0452.3122) Scientific soft skills |
| פרטי הקורס |
לפיתוח מיומנויות תקשורת מדעית - 0452.0112.01 Scientific “soft skills על מנת להגיע להצלחה מדעית לא מספיק לערוך ניסויים מוצלחים במעבדה. יש חשיבות עליונה בפיתוח מיומנויות וכישורים מדעיים נלווים. כישורים אלה מתייחסים לפיתוח תקשורת מדעית והתנהגותית. לדוגמא: כישורי דיבור והצגת חומר מדעי בהרצאה, בהצגת פוסטר ובדיון לא פורמאלי. כישורי כתיבה וביקורת מדעית כמו הכנת הרצאה, הכנת פוסטר מדעי וכתיבת קורות חיים. בנית רשת תקשורתית בין מדענים הכוללת עבודת צוות, יצירת שיתופי פעולה, ואיתור מקום לפוסט-דוקטורט. הלימודים המקובלים במסלול להכשרת מדענים ובעיקר במסלול לדוקטורט מתרכזים בעיקר בפיתוח כישורים לבנית מחקר מעולה בלי שימת דגש על לימודי התקשורת המדעית. הסדנא תקנה למשתתפים, תלמידי התואר השלישי, חלק מהמיומנויות והכישורים החשובים האלה. הסדנא מיועדת לתלמידי תואר שלישי בשלב שלאחר אישור הצעת המחקר. הסדנא תערך בעברית ובאנגלית בהתאם לצורך, כאשר כל מפגש יכלול הרצאה ותרגול. בשל אופיה, הסדנא תהיה מוגבלת ל- 16 משתתפים. היא תדרוש נוכחות חובה ועמידה במטלות של הגשה כתובה ופרזנטציה בעל פה (ללא ציון). הסדנא תקנה נקודות 2 זכות לתואר בציון "עובר". בין נושאי הסדנא: מיומנויות דיבור: • הצגת חומר מדעי בהרצאה • שיחה לא פורמלית ודיון אפקטיבי • נתינה וקבלת ביקורת מדעית • הכנה לראיונות וטיפים לחיפוש פוסט-דוקטורט • Job talk מיומנויות כתיבה והגשת חומר מדעי: • הכנת פוסטר • הכנת מצגת להרצאה • כתיבת קורות חיים מיומנויות אישיות: • הערכה וביקורת עצמית • כן פוסט-דוק, לא פוסט-דוק • איזון עבודה/חיים • ארגון זמן |
| מס תלמידים: 16 |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| אבולוציה מולקולארית (0452.3118) Molecular Evolution |
| פרטי הקורס |
| אבולוציה מולקולארית ב - 0452.3118.01 Molecular Evolution מורה הקורס: פרופ' טל פופקו. הקורס מיועד ל: תואר שני (קורס מדרשה). בקורס יילמדו נושאים נבחרים באבולוציה מולקולארית שלא נכללים בקורס המבוא. מטרת הקורס היא להעמיק ולהרחיב את ידיעות התלמיד בתחום זה. נושאים: 1. עימוד רצפים 2. פילוגנזה ופילוגנומיקה 3. מעבר גנים אנכי (Lateral gene transfer) 4. הסקה של לחצי סלקציה (positive selection) 5. גנטיקה של אוכלוסיות 6. אבולוציה של רגולציה 7. גנים יתומים (ORFans genes) 8. Codon bias 9. שימוש בכלים אבולוציוניים לחקר מבנה ותפקוד חלבונים 10. אבולוציה של אינטראקציות מאכסן-פתוגן ידע נדרש: הקורס אבולוציה מולקולארית. סמסטר ב. 2 נ"ז. הרכב הציון: 100% בחינה סופית |
|
דרישות קדם: אין
|
| אבולוציה של חברתיות בעולם החי (0431.4614) Social evolution |
| פרטי הקורס |
| שיתופיות בעולם החי היוותה מאז פרסום ספרו של דארווין ”מוצא המינים” חידה אבולוציונית, משום שהיא מתבססת על קיומם של תכונות אלטרואיסטיות אשר לכאורה מורידות את הכשירות של הפרט הנושא אותם. כיצד תכונות כאילו עומדות בפני הסלקציה הטבעית, ובאילו תנאים הם יציבות אבולוציונית הם נושא נרחב למחקרים תיאורטיים ואמפיריים ב 40 השנים האחרונות. במהלך הקורס נבחן את הדרגות השונות של שיתופיות בעולם החי, את התיאוריות להסברתם, ומחקרים ניסויים הבוחנים את התיאוריות הללו. כמו כן נסקור את קבוצות בעלי החיים העיקריות בהם קיימת שיתופיות, מיחסי גומלין פשוטים ועד לחברתיות אמיתית. תכנית הקורס: 1. התיאוריות הבסיסיות של שיתופיות א. האבולוציה של התנהגות שיתופית ואלטרואיזם ביולוגי ב. דילמת האסיר ופתרונה האבולוציוני היציב ג. המודל הגנטי של ברירת שארים – Kin selection 2. אבולוציה חברתית לאור תורת המשחקים א. אלטרואיזם רציפרוקלי - Reciprocal altruism ב. מודל ברירת הקבוצות המשודרג ג. מודלים של הטיה רבייתית :reproductive skew ויתור וריסון עצמי – Transactional models המודל של ”משיכת חבל” - Tug of war models 3. המסלולים האבולוציוניים המובילים לשיתופיות – מחיידקים ועד יונקים א. התנהגות קדם חברתית - Presocial association ב. חברתיות והטיה רבייתית () בריריות – slime molds ג. קבוצות שיתוף וקבוצות חצי חברתיות – semisociality ד. חברתיות אמיתי – Eusociality 4. עקרונות התקשורת החברתית א. מילים ומשפטים – פענוח אבן הרוזטה של שפת בעלי החיים ב. פרומונים כמתווכים בהתנהגות חברתית ג. ביתי הוא מבצרי – הבסיס התקשורתי להכרת חברי הקבוצה 5. קונפליקטים ופתרונם בחברות בעלי חיים א. הקונפליקט על הרבייה – האבולוציה של סטריליות בפועלות. ב. הקונפליקט על יחס הזוויגים – כמה מלכות יהיו בחברה ג. הבסיס הגנטי והכימי של תופעת הזקן הירוק 6. מערכת הארגון העצמי של חברות בעלי החיים א. ארגון עצמי וחלוקת עבודה בחברה ב. השפעת הידע הגלובלי והתקשורת בין חברי המושבה על מערכת הארגון העצמי ג. מציאת בית חדש ומתאים – גולת הכותרת של ארגון עצמי 7. המגוון הביולוגי של בעלי חיים חברתיים א. החרקים החברתיים – דבורים, נמלים, צרעות, וטרמיטים ב. יונקים חברתיים – מלהקת האריות ועד ממלכת החולד העירום |
| דרישות קדם: הקורס באבולוציה נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| אופקים חדשניים באקולוגיה (0431.3109) Current Topics in Ecology |
| פרטי הקורס |
| אופקים חדשניים באקולוגיה (0431.3109) Current Topics in Ecology פרטי הקורס מטרות הקורס הן לחשוף את תלמידי המסלול לאקולוגיה למחקר אקולוגי מתקדם. במסגרת הקורס יינתנו הרצאות שיציגו את המחקרים העדכניים של מנחי המסלול, יוצגו ויידונו נושאים עכשוויים באקולוגיה ואיכות הסביבה ע”י מגוון של מרצים מהתחום. הרכב ציון: נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| אקולוגיה אבולוציונית (0431.3833) Evolutionary Ecology |
| פרטי הקורס |
| הקורס בוחן את האדפטציה של אורגניזמים לסביבתם מרמת הפרט ועד רמת האוכלוסייה. נבחן מהם לחצי סלקציה הכפופים לסביבה והתגובה האבולוציונית ללחצים אלו. כיצד הברירה הטבעית משפיעה לא רק על תכונות של הפרט, אלא גם על מאפיינים של אוכלוסיות ומורכבות של מינים. ננסה להבין כיצד מנגנונים אבולוציוניים משפיעים על וריאציה טבעית במגוון רחב של תהליכים אקולוגיים, בדגש על יחסי טפיל-פונדקאי. בין היתר יילמדו הנושאים הבאים: אבולוציה של אלימות טפיל (Virulence), אסטרטגיות חסינות של פונדקאי ומחיר ההתנגדות, השפעת טפילות על התפתחות מינים היברידים, טפילות וסלקציה מינית (תחרות בין זכרים, בחירת בן-זוג, היפותזת Hamilton-Zuk), טפילות והתנהגות (כיצד טפיל מתמרן את הפונדקאי על מנת להפיץ את עצמו), ויסות של אוכלוסיית פונדקאים ושינוי המגוון הגנטי שלהם ע”י טפילים, היפותזת ה- Trade-off, הדברה ביולוגית בעזרת טפילים, Host specificity, אבולוציה של אסטרטגיות Life history, וריאציה גאוגרפית ו- Phenotypic plasticity, אבולוציה של רבייה מינית ורקומבינציה (Antagonistic coevolution), יחס הזוויגים באוכלוסייה, דימורפיזם מיני. עם סיום הקורס יהיו בידי התלמידים כלים מתקדמים לניתוח והערכה של היפותזות מרכזיות וביצוע מחקרים מדעיים בתחום. |
| דרישות קדם: אקולוגיה, אבולוציה ומבוא לעולם החי נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבחן מסכם |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| אקולוגיה התנהגותית (0431.3380) BEHAVIORAL ECOLOGY |
| פרטי הקורס |
| האקולוגיה התנהגותית עוסקת בנקודת המפגש שבין אקולוגיה, אבולוציה, והתנהגות, ומנסה להבין את הערך האדפטיבי של ההתנהגות תוך דגש על חקר בעלי החיים בסביבתם הטבעית ושילוב גישות ניסוייות, השוואתיות, ותיאורטיות (מודלים של אופטימיזציה ותורת המשחקים האבולוציונית). הקורס יציג את עקרונות האקולוגיה ההתנהגותית תוך סקירת הממצאים העדכניים בתחום. ראשי הפרקים: סלקציה אקולוגיה והתנהגות, בחינת השערות באבולוציה של התנהגות, התנהגות כלכלית וקבלת החלטות בבעלי חיים, מרוצי חימוש ויחסי טורף-נטרף, תחרות על משאבים ותורת המשחקים האבולוציונית, חיים בקבוצה, רביה זוויגית ובחירת בן זוג, טיפול הורי וקונפליקט הורים-צאצאים, אסטרטגיות זיווג ורבייה, אלטרואיזם ושיתוף פעולה, תקשורת בין בעלי חיים והאבולוציה של סיגנלים. |
| דרישות קדם: קורס החובה באבולוציה נוכחות חובה |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| אקולוגיה מיקרוביאלית (0453.4103) Microbial Ecology |
| פרטי הקורס |
| הקורס עוסק בחקר מיקרואורגניזמים בסביבתם הטבעית ובכלל זה תאור התפוצה, הרב גוניות והאינטראקציות של מיקרואורגניזמים ביבשה, במים מתוקים ובסביבה ימית (כולל את האינטראקציה עם בע”ח , צמחים ומיקרואורגניזמים אחרים). בקורס ילמדו עקרונות אקולוגיים הנגזרים ממחקרים במיקרואורגניזמים ושימוש במיקרואורגניזמים למלחמה ומניעה של זיהום הסביבה. יודגשו גישות מולקולריות וגנומיות לנושאים אלה. בקורס יתקיים גם סיור יחיד. מספר מצומצם של תלמידים מתואר ראשון יוכלו להירשם לקורס באישור המרצה, לאחר ראיון אישי. |
| דרישות קדם: קורס יסוד במיקרוביולוגיה כללית, ביולוגיה מולקולארית נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| אקולוגיה של חברות (0431.3086) Community Ecology |
| פרטי הקורס |
|
שם הקורס: אקולוגיה של חברות
|
| מס תלמידים: 20 |
| דרישות קדם: מבוא לאקולוגיה נוכחות חובה |
| הרכב ציון: סטודנטים צריכים להשתתף בשיעורים. מידת ההכנה של הסטודנטים תיבדק על ידי בוחן שבועי. הציון הסופי יורכב מ: • ציוני הבחנים (20%) • בחינה סופית (80%) |
|
מטלת סיום: מבחן בית
|
| בטיחות (0400.1001) Safety in the Laboratory |
| פרטי הקורס |
| מושגים ועקרונות בבטיחות, בטיחות בשימוש ברדיואיזוטופים ארגומיה תעסוקתית, סיכונים ביולוגיים, חומרים מסוכנים, גלילי גז, היבטי בטיחות, סילוק פסולת, ארגון תחנת עבודה, כיבוי אש. הקורס יינתן במרוכז במספר מפגשים בתחילת שנה”ל. |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| ביואתיקה וביוטכנולוגיה (0411.3129) Bioethics and Biotechnology |
| פרטי הקורס |
| Course description: The course presents normative ethical theories and how to employ them in analyzing moral issues arising from: • Genetic engineering and the new biotechnology o human genetic research and testing o the use of animals in research o genetically engineered of plants and animals o risk analysis o biotechnology patents o regulation of biotechnology • The impact of biotechnology on society and the environment. • Water distribution and use: pricing, ownership, control, water and political instability, water source management, ecosystem services. • Food shortages: food commodity speculation, pricing, should the market be regulated, land uses, new technologies. • "Land grabs": its consequences; good/ bad- a mixed bag; effect on subsistence farmers; micro/macro effects; Short term long term consequences; should it be regulated; alternate ways to bring farmers to improved farming methods. • GMO's: fears, feasibility; food security; health and environmental concerns. • New technologies: fertilizers, pesticides and food sustainability. • Agricultural subsidies: are they useful or do they distort markets; what should we do? • Privatization of agricultural research and development: loss of public sector (Universities, AROs) in developing food policy and agro-technology. • Agricultural industrialization: the destruction of the small farmer; can or should agricultural industrialization be regulated? • Public health: how should we ensure the nutritional needs of the public; can or should we regulate what people eat. • Intensive agriculture and the loss of biodiversity: and the impact of biotechnology on society and the environment. Major moral theories will be discussed and applied. The course is discussion intensive. Case studies will be presented and discussed. Course Goals: o to increase your awareness of the complexity of moral issues related to Biotechnology and Food Security o to make you more knowledgeable about the reasons (arguments) and theories behind different positions on various moral issues, and improve your ability to articulate those arguments o to improve your ability to give reasoned arguments for and against viewpoints o to increase your ability to think critically about bioethics (both sides of the debates), o to improve your reading, writing and especially critical thinking skills o to teach you to write a case study and a position paper on moral issues that arise from the use or introduction of new biotech products or technologies. Restrictions: 25 students (preference given to Students in Biotechnology Programs and those graduate students from various programs throughout the University dealing with issues of Food Safety and Security). |
| מס תלמידים: 25 |
| דרישות קדם: Course open to: Students in Biotechnology Program (Required course) and students in programs dealing with Food Safety and Security; Students from other programs may be accepted after interview with Professor Epel. נוכחות חובה |
| הרכב ציון: participation in class discussions, group presentation projects, and analysis papers |
| מטלת סיום: עבודה\פרויקט |
|
ספרות:
|
| ביולוגיה מבנית חישובית (0368.3105) Computational Structural Biology |
| פרטי הקורס |
| ביולוגיה מבנית חישובית (או: ביואינפורמטיקה מבנית) עוסקת בחיזוי, השוואה ואנליזה של מבנה ותפקיד של חלבונים ומקרו-מולקולות אחרות. בקורס יוצגו אלגוריתמים ושיטות חישוביות לפתרון בעיות מרכזיות בביולוגיה מבנית ושימושיהן. מבחינה אלגוריתמית נעסוק בחישוב גיאומטרי בעולם התלת-מימדי של מבני מולקולות. הנושאים שילמדו כוללים: • ייצוג של מבני חלבונים • הכוחות הפיסיקליים המייצבים חלבונים וקומפלקסים ביולוגים. • מציאת דמיון בין חלבונים ע"י השוואת רצפי חומצות האמינו שלהם. • אלגוריתמים לחיזוי המבנה התלת מימדי של חלבון בהינתן רצף חומצות האמינו שלו (קיפול חלבוניםfolding -). • השוואה מבנית של חלבונים. • חיזוי הכרה ביו-מולקולארית (עגינה-(docking וקומפלקסים ביולוגים. • חיזוי תפקוד של חלבון. • חיזוי המבנה האטומי של קומפלקסים רב מולקולאריים בעזרת שילוב של מידע ממיקרוסקופיה אלקטרונית (רזולוציה נמוכה) וקריסטלוגרפית קרני X (רזולוציה גבוהה). הקורס מיועד לתלמידי התוכנית לביואינפורמטיקה ופתוח גם לתלמידי תואר שני ושנה ג' במדעי המחשב ומדעי החיים. תלמידים בעלי רקע דומה המעונינים להצטרף מתבקשים ליצור קשר עם המרצים. חומר הלימוד יתבסס בעיקר על מאמרים שיופצו באתר הקורס. |
| דרישות קדם: אין |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| ביולוגיה מולקולרית של ממברנות (0421.4130) Molecular Biology of Membranes |
| פרטי הקורס |
| In this course we will address selected topics in the forefront of membrane biology. The interest in biomembranes is interdisciplinary, combining biophysics, cell biology, molecular biology, physiology, bioinformatics and system biology. In addition to the theoretical and experimental aspects of biomembranes, they are the fascinating border between the living cell and organism and its non-living environment. Selected topics (may change according to the group of teachers): Structure and function of membranes and methods to study them. Composition and properties of micelles, liposomes and biological membranes. Fluidity and permeability of the phospholipid bilayer. Movement of molecules across biological membranes. Active and passive transport. Transporters, ion channels, ionophores. Interaction of proteins with the bilayer. Purification, structure and function of respiratory chain enzymes and ATPase. Translocation of protein across membranes and insertion of membrane proteins. The focus will be translocation across ensdoplasmic reticulum (ER) in eukaryotes and translocation across mitochondrial membranes: with emphasis on the role of chaperones. The role of Hsp70 chaperones upon protein translocation and their mechanism of function will be discussed. |
| דרישות קדם: ביולוגיה של התא, ביוכימיה, ביולוגיה מולקולרית נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| ביולוגיה של התא למתקדמים (0452.3114) Advanced Cell Biology |
| פרטי הקורס |
| א. היבטים אימונולוגיים בהתפתחות מערכת החיסון בעובר ויחסי הגומלין אם-עובר. ב. ביוכימיה וביולוגיה מבנית של מולקולות אדהזיה במערכת החיסון (ממשפחת האינטגרינים) והשימוש בהן כמטרות תרופתיות במחלות דלקתיות ובסרטני דם. ג. Immune Surveillance בסרטן – מנגנונים ואתגרים לטיפול. יינתנו מספר מאמרי מחקר מקוריים לקריאה שיוכללו בחומר הקורס. |
| דרישות קדם: הקורס מבוסס ידע מוקדם באימונולוגיה ברמה הניתנת בקורס "אימונולוגיה כללית" (קורס מספר 0455268801 ). תלמיד שלא למד אימונולוגיה בעבר, יוכל להשלים את הרקע הנדרש מתוך ספרי הלימוד Kuby Immunology ו- Janeway's Immunobiology . נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבחן רב-ברירתי |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| ביולוגיה של התא למתקדמים ב (0452.1114) Advanced Cell Biology |
| פרטי הקורס |
| א. היבטים אימונולוגיים בהתפתחות מערכת החיסון בעובר ויחסי הגומלין אם-עובר. ב. ביוכימיה וביולוגיה מבנית של מולקולות אדהזיה במערכת החיסון (ממשפחת האינטגרינים) והשימוש בהן כמטרות תרופתיות במחלות דלקתיות ובסרטני דם. ג. Immune Surveillance בסרטן – מנגנונים ואתגרים לטיפול. יינתנו מספר מאמרי מחקר מקוריים לקריאה שיוכללו בחומר הקורס. |
| דרישות קדם: הקורס מבוסס ידע מוקדם באימונולוגיה ברמה הניתנת בקורס "אימונולוגיה כללית" (קורס מספר 0455268801). תלמיד שלא למד אימונולוגיה בעבר, יוכל להשלים את הרקע הנדרש מתוך ספרי הלימוד Kuby Immunology ו-Janeway's Immunobiology נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבחן רב-ברירתי |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| ביוסטטיסטיקה (0431.4603) Biostatistics |
| פרטי הקורס |
| הכרת השימוש בשיטות סטטיסטיות לניתוח תוצאות של ניסויים בביולוגיה. יושם דגש על בחירת המבחן המתאים לכל סוג של נתונים, על שימוש מעשי במחשב לניתוח נתונים שנאספו מן הספרות הביולוגית או מעבודות מחקר של התלמידים עצמם, ועל הסקת המסקנות הביולוגיות המתאימות מתוצאות המבחן הסטטיסטי. |
| דרישות קדם: תואר ראשון במדעי החיים נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מן התלמידים תידרש קריאה עצמית להרחבת הנושאים שיידונו בשעורים וכן הכנת תרגילים מדי שבוע. להכנת התרגילים תידרש השקעת זמן רב. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| גישות מחקר בנוירואימונולוגיה (0491.3224) Research approaches in neuroimmunology |
| פרטי הקורס |
| מטרת הקורס ללמד על גישות שונות במחקר להבנת תהליכים דלקתיים. הקורס מיועד לסטודנטים בתארים מתקדמים אשר מתעניינים לשלב למוד על דלקת במהלך מחקרם. הקורס ייתן רקע כללי על גישות מחקר של התאים השונים שמעורבים בדלקת עם דגש על תהליכים דלקתיים במחלות במערכת העצביים כגון טרשת נפוצה , מחלת אלצהיימר, ALS, מחלת פרקינסון וגידולים סרטניים, שבץ . במהלך הקורס ינותחו מחקרים שונים מהספרות המציגים תוצאות סותרות לכאורה מגישות מחקר שונות, והמשתתפים בקורס ילמדו להשוואת את התוצאות, לבקר את המסקנות ולהציע ניסיונות מחקר לגשר על ההבדלים. הקורס יחולק לשני חלקים : הראשון יינתן על ידי המרצה ויכלול סריקה כללית של הספרות והשני יינתן על ידי משתתפי הקורס ויכלול דיון והשוואה בן מאמרים. |
| דרישות קדם: רצוי אימונולוגיה ומבוא לתהליכים דלקתיים במערכת העצבים המרכזית נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| גליקוביולוגיה (0452.3120) Glycobiology |
| פרטי הקורס |
| GLYCOBIOLOGY Gerardo Lederkremer, Dan Peer and Vered Padler-Karavani. Dept. of Cell Research and Immunology. Structure, biosynthesis and functions of the carbohydrates of glycoproteins and glycolipids. Lectins. Medical relevance and biotechnological applications. THE COURSE IS GIVEN FOR MSC AND PHD STUDENTS AND OPEN FOR A LIMITED NUMBER OF 3RD YEAR BSC STUDENTS. Topics: •Monosaccharides: As constituents of the glycoconjugates, with emphasis on the sialic acids. •Glycoproteins: Isolation and characterization. Structure. Carbohydrate-peptide linkages, N-linked, O-linked. The glycosylphosphatidyl inositol (GPI) anchor. Impact of glycosylation on glycoprotein lifetime in circulation and on the activity of enzymes, hormones, immunoglobulins, cytokines and receptors. Uses in the pharmaceutical and the biotechnology industry. Biosynthesis; sugar nucleotides and lipid-linked intermediates; glycosyltransferases; biochemical pathways. Role of sugar chain processing in glycoprotein folding and quality control. Congenital diseases of protein glycosylation (CDGs). •Proteoglycans: Structure. Function as structural elements of connective tissues and of cell membranes. Proteoglycans as receptors for growth factors and in cancer biology. Heparin, an anticoagulant. The mucopolysaccharidoses – genetic defects of glycosaminoglycan degradation. •Lectins: Functions in animal cell biology, e.g. in leukocyte migration, in inflammatory diseases and in cancer. Role of lectins in microbial invasion and as tools in glycoconjugate research. Anti-adhesion therapy of infections, inflammations and cancer. •Glycolipids: Structure, function. Biosynthesis. Genetic defects in glycolipid catabolism. Lysosomal storage diseases: the I-cell disease, the mannose-6-phosphate marker and its receptor; Gaucher disease and enzyme replacement therapy. •Polysaccharides as building blocks in nano-therapeutics: Chemical structure of polysaccharides (Chitosan, Arabinogalactan, Cyclodextrin, Dextran, Alginate, and hyaluronan as examples). The main mechanisms of nanoparticle preparation from polysaccharides, basic introduction to nanotechnology and nanomedicine. Polysaccharide-based nanoparticles, use for diagnostics and therapeutics. •Cell surface carbohydrates in cell recognition and their variations during differentiation, development and in cancer and other diseases. ABO blood group determinants. Cell surface carbohydrates in immune recognition and as signaling molecules. Textbook: •Introduction to Glycobiology, 3rd edn. M.E. Taylor, K. Drickamer, Oxford University Press, 2011. References: • Essentials of Glycobiology. 2nd. Edition. Edited by Varki, A., Cummings, R.D., Esko, J.D., Freeze, H.H., Stanley, P., Bertozzi, C.R., Hart, G.W., and Etzler, M.E. CSHL Press, Cold Spring Harbor, N.Y., (2009). (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1908/) • Nelson, D.L. and Cox, M.M., Lehninger- Principles in Biochemistry 5th Ed., Chapter 11, Carbohydrates and Glycobiology (2008). • Berg, J.M., Tymoczko, J.L. and Stryer, L. Biochemistry 5th Ed., Chapter 11, Carbohydrates (2002). • Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C.A., Krieger, M., Scott, M.P., Bretscher, A., Ploegh, H. and Matsudaira, P. Molecular Cell Biology 6th Ed., Chapters 13 and 19, (2008). • Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and Walter, P., Molecular Biology of the Cell 5th Ed., Chapters 12 and 19, (2008). •”Carbohydrates in cell recognition”, N. Sharon and H. Lis, Scientific American 268 (1) 82-89 (1993); ”Sweet Medicines” T. Maeder, Scientific American 287(1) 40-47 (2002). |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| הבסיס המדעי לשמירת הטבע (0431.4613) Conservation Biology |
| פרטי הקורס |
| הקורס יעסוק באתגרים המדעיים של שמירת טבע בארץ ובעולם. הקורס יעסוק בתחום conservation biology, תחום מדעי שהתפתח בעולם בעשרים השנים האחרונות והעוסק בפיתוח כלים מדעיים להתמודדות עם האתגר של שימור המגוון הביולוגי ומערכות אקולוגיות מתפקדות. מדובר בתחום סינתטי המשלב עקרונות באקולוגיה, תחום בסיס מרכזי, עם סיסטמטיקה, גנטיקה של אוכלוסיות, פיזיולוגיה, ביוגיאוגרפיה ואף תחומים מסוימים במדעי החברה והמשפטים. במסגרת הקורס תוצג המסגרת המדעית הבסיסית עליה נשען תחום ה- conservation biology. בחלק מן השיעורים יוזמנו מרצים אורחים להציג נושאים ספציפיים בתחום מומחיותם ויידונו מקרי בוחן מישראל. בשעורים האחרונים יתקיים דיון במספר נושאי מפתח. הסטודנטים יקבלו כל אחד מאמר/ים בנושא מסוים, יציגו אותו בקצרה ואח"כ יתקיים דיון במסגרת הכיתה. נושאי הרצאה עיקריים הרקע להתפתחות תחום המדע ואופיו הנגזר האיומים העיקריים על המגוון הביולוגי בעולם ובישראל מצב המערכות האקולוגיות בעולם ודגש על מערכות ים-תיכוניות דגמים במגוון הביולוגי בזמן ובמרחב הרס וקיטוע בתי גידול ומשמעויותיהם המרחביות טרנספורמציה של בתי גידול – חקלאות, יערנות ושמירת טבע אתגרים מדעיים בשמירת טבע בבתי גידול לחים אתגרים מדעיים בשמירת טבע בבתי גידול חופיים בעיית המינים הפולשים כתופעה אקולוגית אקולוגיה של אוכלוסיות – היבטים דמוגראפיים בשמירת טבע שימור המגוון הגנטי – כלים מדעיים התפתחות אקולוגיה של שיקום – כלים ואתגרים מדעיים מקום הטקסונומיה בשמירת הטבע – אתגר מדעי וטכנולוגי ספר הלימוד העיקרי שילווה את הקורס יהיה ספרם של Meffe and Carroll אך יעשה שימוש גם במקורות ספרות אחרים. הדיון בסוף הקורס יתמקד במקרי בוחן שנחקרו בעולם ובישראל ויש להם פנים מדעיים שונים. |
| הרכב ציון: הציון ייקבע על פי הבחינה הסופית בלבד אך הצגת מאמר/ים והשתתפות בדיון – חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| ההיפוקמפוס, האמיגדלה וקידוד זיכרון במוח היונק (0491.3225) Hippocampus and Amygdala: Memory encoding in the mammalian brain |
| פרטי הקורס |
| ההיפוקמפוס, האמיגדלה וקידוד זיכרון במוח היונק. Hippocampus and Amygdala: Memory encoding in the mammalian brain סילבוס 1. הקורטקס המוחי א. הקדמה ב. שכבות הקורטקס ג. עמודים קורטיקליים 2. הקורטקס המוחי א. המגוון הנוירונאלי ב. חיווט קורטיקלי ג. קורטקס הפיריפורם 3. הקומפלקס ההיפוקמפלי א. תת חלוקות של האזור הפרה-היפוקמפלי ב. הקורטקס האנתורינלי ג. הקומפלקס הסוביקולרי ד. צרורות סיבים מרכזיים 4. ההיפוקמפוס – אנטומיה א. מיקום ומנח ב. הארגון התלת שכבתי ג. חלוקה לתת אזורים ד. הציטוארכיטקטוניקה של ההיפוקמפוס 5. ההיפוקמפוס – חיווט א. מסלול הפרפורנט (Perforant) ב. מסלול המוסי פייברס (Mossy fibers). ג. שפרס קולטרל (Scaffer's collateral) 6. ההיפוקמפוס – אלקטרופיזיולוגיה א. שיטות לרישום אלקטרופיזיולוגי in-vitro ב. פלסטיות סינפטית בתת האזורים CA1 ו-CA3 7. ההיפוקמפוס – הקשר התנהגותי א. שיטות לרישום אלקטרופיזיולוגי בבעל החיים החי ב. התמחות תאית – תאי מקום, רשת וכיווניות ראש ג. גלי תטא היפוקמפליים. 8. ההיפוקמפוס – תיאוריות פונקציונליות א. תיאוריית הזיכרון הדקלרטיבי ב. תיאוריית המפה הקוגניטיבית ג. תיאוריות תצורה, יחסיות והקשר 9. אמיגדלה – נוירואנטומיה א. מיקום ומנח ב. גרעיני האמיגדלה ג. הציטוארכיטקטוניקה של האמיגדלה 10. אמיגדלה – חיווט א.קשרים אפרנטיים (Efferent & Afferent) ב. חיווט מקומי 11. אמיגלדה – פיזיולוגיה א. אלקטרופיזיולוגיה in-vitro ב. פלסטיות סינפטית 12. אמיגדלה – הקשר התנהגותי א. אלקטרופיזיולוגיה ודימות בבעל החיים החי ב. התניית פחד 13. סדנת רישום אלקטרופיזיולוגי |
| דרישות קדם: ”מבוא לנוירוביולוגיה” - חובה ”נוירואנטומיה א’” - מומלץ נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| הנדסת נוגדנים (0453.3388) Antibody Engineering |
| פרטי הקורס |
| תכנית הקורס: בקורס יתוארו ההתפתחויות העדכניות שהביאה מהפיכת ההנדסה הגנטית לאפיון, שיבוט, ושינוי של נוגדנים ולשימוש בהם. יושם דגש על תרומת הביולוגיה המבנית, זמינותם של מאגרי מידע ממוחשבים ושל שיטות רבות עצמה לקביעה ישירה או לחיזוי המבנה המרחבי של מולקולת הנוגדן, לתכנון מושכל של שינויים בנוגדנים ושימוש בכלים מתקדמים של Next generation sequencing ושל פרוטיאומיקה לבידוד נוגדנים. יתוארו מערכות שונות לביטוי וניקוי של נוגדנים או מקטעי נוגדנים רקומביננטים בחיידקים ובתאים אנימליים. יתוארו שימושים של נוגדנים רקומביננטים ושל כימרות של נוגדנים עם אנזימים, ציטוקינים וטוקסינים במחקר מדעי וברפואה. מבנה הקורס: מנגנונים מולקולריים ליצירת רב-גוניות בנוגדנים. מבנה מרחבי של נוגדנים ושימוש בשיטות חיזוי מבנה להנדסת נוגדנים. הנדסת אתר קישור האנטיגן לחיזוק זיקת הנוגדן לאנטיגן הצגת מקטעי נוגדנים על פני בקטריופאז’. ביטוי וניקוי נוגדנים המבוטאים בחיידק. ביטוי וניקוי נוגדנים רקומביננטים בתאים בתרבית. ישומים של נוגדנים רקומביננטים במחקר וברפואה. יישומים של נוגדנים תוך-תאיים. |
| דרישות קדם: אימונולוגיה כללית. נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| השבחה מולקולרית של צמחים - מעבדה (0466.4001) Plant molecular breeding- Lab |
| פרטי הקורס |
Plant molecular breeding lab, taught by Dr. Assaf Distelfeld – 3 points (1 week, 6.5 hours / day) The course will focus on the application (theory + hands on) of molecular genetics and genomics to the development of cultivars more suited to the needs of humans. A final written exam will be conducted at the end of the course. As lab space is limited, prerequisites include relevance, student commitment, and lecturers’ approval. Course Schedule: Day 1: Introduction to plant breeding Plant breeding objectives Germplasm resources and pools Crop evolution (domestication + evolution under domestication) Plant breeding methods Laboratory – DNA extraction Day 2: Genetics Genetic variation Recombination and population development Segregating populations Linkage drag Polyploidy Introduction to molecular genetics Laboratory – PCR and gel electrophoresis – SSR markers Day 3: Marker Assisted Selection (MAS) MAS traits Genetic markers Bases and availability of markers Laboratory – PCR and gel electrophoresis – gene specific markers Day 4: Genetic mapping QTL Marker assisted selection and backcrossing Quantitative genetics model Laboratory – CAPS markers, SNP assay Day 5: Breeding with Molecular Markers Gene discovery Reverse genetics Mutation breeding Biotechnology (transgenic) Laboratory – genetic mapping |
| מס תלמידים: מוגבל |
|
דרישות קדם: אין
|
| חישה ותגובת צמחים לסביבות משתנות (0466.4005) Plant Signaling in Changing Environments |
| פרטי הקורס |
| A joint I-CORE - Manna Center course for MSc and PhD students, 12-16 July, 2015, 14:00-18:00. A concentrated five-day course with 2 x 2 hour lectures every day. Course organizers: Prof. Dudu Weiss and Prof. Yuval Eshed Course lectures will be in English. Tentative plan Sunday 12/07/2015 14-16:00 Prof. Danny Chamovitz – Plant environment communication 16-18:00 Prof. Efrat Shefer – Ecological and evolutionary plant adaptations to changing environments Monday 13/07/2015 14-16:00 Prof. Dudy Bar-Zvi – Sensing, signaling, and responding to drought and salinity. 16-18:00 Dr. Assaf Mosquna – The ABA receptors: Structure-function relations Tuesday 14/07/2015 14-16:00 Dr. Eilon Shani – Plant hormones transport mechanisms 16-18:00 Dr. Sigal Savaldi-Goldstein - Autonomous and non-cell autonomous hormonal responses Wednesday 15/07/2015 14-16:00 Prof. Robert Fluhr – ROS sinaling 16-18:00 Prof. Hillel Fromm – Calcium signaling Thursday 16/07/2015 14-16:00 Prof. David Weiss – Integration of signals – the DELLA example 16-18:00 Prof. Yuval Eshed – Integrating signals – Florigen and its antagonists. A take-home exam will be given. |
| דרישות קדם: אין |
|
מטלת סיום: מבחן בית
|
| טכנולוגיה אנזימטית (0453.3114) ENZYME TECHNOLOGY |
| פרטי הקורס |
| טכנולוגיה אנזימטית (0453.3114) ENZYME TECHNOLOGY • מבוא לעקרונות הקטליזה האנזימתית – השלכות תעשיתיות וטטכנולוגיות • תהליכים תעשייתיים בהם משמשים אנזימים כקטליזטור הומוגני • אנזימים בלתי מסיסים ושימושיהם (ביוריאקטורים אנזימתיים) • מערכות רב אנזימתיות - ביוטרנספורמציה • שימושים אנאליטיים: ממברנות; אלקטרודות; ותצמידי אנזימים עם נוגדנים • השלכות התפתחות ההנדסה הגנטית והנדסת חלבונים על שימושים תעשיתיים של אנזימים הקורס יתבסס על הרצאות מרצה ומצגות סטודנטים דרישות קדם: אין נוכחות חובה מטלת סיום: בחינה בכתב ומצגת |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| כתיבה מדעית לתלמידי מדעי החיים (0217.2331) Scientific/Academic Writing for PhD Students in the Life Sciences |
| פרטי הקורס |
| Tel Aviv University Division of Foreign Languages Scientific/Academic Writing for PhD Students in the Life Sciences Instructor: Harriet Rubin Office: Webb Room 210 Office Hour: by appointment email: harrietrubin18@gmail.com This course is designed to help students acquire strategies to improve their academic and scientific writing in English required for their PhD studies in the various genres as required by journals, grant/academic committees and scientific conferences. Students will go through the process of writing and revising their papers, which may be based on their current research. They will also prepare an oral presentation. Course Objectives– During the weekly sessions we will: • Discuss the principles of academic/scientific writing and writing conventions (including citation methods and generators) • Establish and practice elements of style (e.g., conciseness, sentence variation) • Demonstrate principles of English grammar (e.g., appropriate verb • tenses) and vocabulary commonly used in academic papers • Explore the social context of scientific/academic discourse (e.g., hedging, modesty) • Discuss extra-textual elements in scientific texts (e.g., presentation of figures, tables) • Practice peer evaluation of writing • Develop revision strategies • Develop oral presentation skills • Explore various writing web sources Course Topics and Requirement Students will be asked to prepare written and oral assignments related to their actual work • Introduction Section of research • Methods and Materials • Results and Discussion • Abstract – for a journal or conference • Professional writing – e.g., applying for post-doc position, academic bios, progress reports • "Elevator Pitch" • Oral Presentation The major writing tasks will be done in 3 stages: 1. The student prepares a DRAFT of a writing task and submits it to the teacher. 2. The paper is REVISED taking into consideration the feedback on the draft or discussed at a personal conference. 3. The student RESUBMITS the ORIGINAL DRAFT and the REVISED paper for further discussion and negotiation. The major emphasis is on an open dialogue between student and teacher. Weekly Sessions • The class will meet on Thursdays 12:15 – 13:45. • Those who are absent more than 3 times may be dropped from the course. • Students will receive individual feedback on their tasks on a regular basis. • During the first few weeks of the semester, students will have a brief meeting with the instructor to get input on the writing sample they submitted during the first week of the course as well as discuss the topics of their writing tasks. These meetings will be scheduled separately. Materials • Teacher will maintain a website in Moodle http://moodle.tau.ac.il and provide additional instructional materials and excerpts from professional books and sources. • Students will be responsible to bring to class 3 model articles from top level journals in their field preferably written by a native writer of English. These can be stored on a disk-on-key, Dropbox or other media. • University level dictionary and thesaurus are recommended online/offline. Evaluation of Student Work • Teacher Assessment of student work in progress – Emphasis is on the process of improvement. • Peer evaluation – feedback from students in class discussions GOOD LUCK FOR AN ENJOYABLE AND SUCCESSFUL SEMESTER! |
|
דרישות קדם: אין
|
| כתיבה מונחית של הצעת מחקר או מאמר סקירה (0453.3399) Tutorial Writing of Research Proposal or Review Paper |
| פרטי הקורס |
| הקורס נועד להכשרת התלמיד להגשת הצעת-מחקר או כתיבת מאמר סקירה בתחומים השונים של הביוטכנולוגיה. התלמיד יתנסה בתהליך הגדרת הנושא. איסוף החומר והכתיבה המדעית בהנחיה אישית של מנחה מקצועי ובליווי מרכז הקורס. העבודה תוגש למרכז הקורס. |
| מטלת סיום: עבודה\פרויקט |
| מאקרואקולוגיה (0431.4616) Macroecology |
| פרטי הקורס |
| מהם דגמי הפיזור של בעלי חיים על פני כדור הארץ? היכן נמצאים רבים והיכן מעטים, ואילו בעלי חיים נצפה למצוא במקומות שונים? כיצד יודעים מהם דגמי התפוצה שלהם? מהם יחסי הגומלין בין צורה, פונקציה ותפוצה, בייחוד בהתייחס לגדל גופם של בעלי חיים? מהם הגורמים הביוטיים והאביוטיים העיקריים המשפיעים על תפוצת בעלי חיים ועל גודלם? הקורס ינסה להציג שאלות אלה ולהצביע על כיוונים אפשריים (ובלתי אפשריים) לתשובות. במהלך ההרצאות נשתדל להביא דוגמאות ממאמרים קלאסיים ועכשוויים, ופחות מ text books. רוב הדוגמאות יהיו מבעלי חוליות. על מנת להבין את נושאי ההרצאות תידרש הבנה מסוימת של מודלים סטטיסטיים, הנחותיהם ומשמעותם (Multiple regression, ANOVA דרגות חופש, שונות מוסברת, residuals, תלות סטטיסטית וכו’). הסטודנטים יבחרו נושא לעבודת מחקר קצרה במהלך הקורס. העבודה תכלול איסוף נתונים (מהספרות), ניתוחם והצגתם בכיתה בהרצאות האחרונות (כ 15 דקות להרצאה) וידונו על ידי כל הסטודנטים. עבודת המחקר תוגש בכתב, ובאנגלית, בפורמט של מאמר קצר. היקף הקורס: 28 שעות במשך שבוע אחד בתאריכים 24-29 בנובמבר 2013. הקורס מקנה שלוש נקודות זכות (2 עבור ההרצאות ואחת עבור העבודה). הקורס ינתן באנגלית The Course language will be English הציון יינתן על בסיס העבודה וההרצאה (40%), השתתפות בדיונים במהלך כל הקורס (10%) ומבחן (50%). נושאי ההרצאות יהיו: 1. מהי מאקרואקולוגיה? 2. דגמים במגוון המינים – קווי רוחב ומעבר להם 3. מיפוי מגוון המינים – ממיקומים למפות עושר מינים 4. אינטרלוד ביוגיאוגרפי סטטיסטי: spatial autocorrelation, non-stationarity, 5. טווח התפוצה 6. גודל גוף: התפלגויות ואלומטריה 7. אינטרלוד אבולוציוני סטטיסטי: phylogenetic comparative methods 8. ביוגיאוגרפיה של גודל גוף: כלל ברגמן 9. ביוגיאוגרפיה של גודל גוף: כלל האיים הרצאת העשרה במבוא להסקה סטטיסטית תינתן אם הסטודנטים יביעו בה עניין. |
| דרישות קדם: קורסי אקולוגיה, אבולוציה, ומבוא לעולם החי, קורס ביוסטטיסטיקה (ניתן לקחת במקביל) נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבחן (50%), עבודה והצגתה בעל פה בכיתה (40%), השתתפות בדיונים בכיתה (10%) |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| מבוא לבטיחות וביטחון מזון (0466.4003) Introduction to Food Safety and Security |
| פרטי הקורס |
Introduction to Food Safety and Security, taught by Prof. Danny Chamovitz, Dr. Aliza Belman (Hartog School of Government), with guest lecturers from abroad (e.g. Prof. Molly Jahn, Dr. Ram Fishman), 1 week, 5.5 hours / day. This course introduces students to the concepts, programs and policies of food security. This course is designed to meet the needs of students in the fields of life sciences, social sciences, public health and environmental studies. A final exam will be conducted at the end of the course. Course Schedule: Topic 1. Introduction Topic 2. Definitions and History Topic 3. Concepts and Measurement Topic 4. Agro-Economics and Markets Topic 5. Agro-technologies and genetic modification Topic 6. Availability I: historical themes affecting food availability Topic 7. Availability II: does the world produce enough food and will it in the future? Topic 8. Accessibility: Famines and acute denial of food access Topic 9. Acceptability: Food as nourishment and health |
|
דרישות קדם: אין
|
| מבוא לחלבונאות (0421.3381) Introduction to Proteomics |
| פרטי הקורס |
| Introduction to proteomics will cover all major fields of the modern proteomics. It will give comprehensive information about theoretical basics of proteomics, different methods and approaches. The course will cover techniques of protein and peptide preparation for mass-spectrometry analysis, separation and enrichment methods, theoretical knowledge about different types of mass-spectrometry used in proteomic research, approaches of quantitative proteomics and detection of post-translational modifications, top-down and structural proteomics. Finally, information will be provided regarding use of mass-spectrometry for tissue imaging. By the end of the course the students will be able to understand manuscripts describing proteomic data, also they will be able to read and interpret spectra, detect post-translational modifications, to know major protocols used in proteomic analysis, to design biological experiments for quantitative proteomics study. List of topics 1. Introduction to Proteomics: Proteome, field of research, tools to study proteome. Categories of proteomics 2. Introduction to Peptide/Protein separations techniques (given by Prof. G. Fleminger) a. Electrophoresis: Blue native gels, SDS gels: 1D and 2D, 2D DIGE. Protein detection b. Liquid chromatography i. Definitions, theory of liquid chromatography ii. Affinity chromatography iii. Gel Filtration iv. Reverse phase chromatography v. Strong cation exchange chromatography vi. High pH anion exchange chromatography vii. Multidimensional HPLC viii. Devices c. Capillary electrophoresis 3. Preparation of proteins and peptides for mass spectrometry: a. Denaturation b. Reduction c. Alkylation d. Digestion and digestion enzymes, types of products i. In-gel digestion ii. In-solution digestion 4. Mass-Spectrometry: Ionization a. Ionization techniques overview b. MALDI c. ESI, microESI, nanoESI 5. Mass-Spectrometry: fragmentation a. CID b. ECD c. ETD d. IRD 6. Mass-Spectrometry: analyzers a. TOF b. Quadrupole c. Ion trap d. FT-ICR e. Orbitrap 7. Mass-Spectrometry: detectors and data acquisition 8. Tandem mass-spectrometers 9. Mass Spectra: interpretation: a. Database search b. De novo analysis c. Manual verification d. Software 10. Ion mobility spectroscopy 11. Quantitative proteomics (absolute and relative) a. Label-free quantitation i. Spectral counting ratio ii. Spectral TIC ratio iii. MSE based quantitation b. Labeled: i. AQUA ii. ICAT iii. iTRAQ and TMT iv. SILAC and modifications c. Statistical analysis of quantitative proteomic data 12. Post-translational modifications: phosphorylation a. Enrichment b. Detection c. Differential interpretation i. Difference from sulfation d. Techniques used for phosphorylation detection 13. Post-translational modification: Glycosylation a. O-glycosylation b. N-glycosylation 14. Other PTMs: a. Acetylation b. Methylation c. Ubiquitination 15. Reproducibility of Mass-spectrometry data, Validation a. MS-based validation: SRM/MRM transitions b. Non-mass-spec based validation 16. Top-down proteomics 17. Mass-spectrometry of protein conformation, protein-protein interactions a. Mass-Spectrometry of proteins and protein complexes b. Ion mobility spectroscopy c. H/D exchange mass-spectrometry d. Use of ETD 18. Non-mass-spectrometry based proteomics (given by Dr. E. Perlson) a. Protein chips 19. Imaging mass-spectrometry |
| דרישות קדם: Advanced level of knowledge in biochemistry, organic chemistry, physics and statistics is required. Course 0453.3391: Separation Processes for Biological Products, is highly recommended נוכחות חובה |
| הרכב ציון: Evaluation will be based on multiple-choice exam (50 questions). |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| מבוא למכשור אלקטרופיזיולוגי (0491.6300) מבוא למכשור אלקטרופיזיולוגי |
| פרטי הקורס |
| I. מבט כללי על מכשור אלקטרופיזיולוגי. סוגים של רישומים אלקטרופיזיולוגיים. II. עקרונות בסיסים של חשמל. רכיבים פאסיביים (נגדים, כבלים). III. רכיבים פעילים (אקטיביים). מוליכים למחצה (semiconductors). IV. טרנזיסטור כמתג וכמגבר. V. מגבר שרת ((operational amplifier. שימושים עיקריים של מגברי שרת. VI. מגבר לרישומים חוץ-תאיים. מגבר לרישומים תוך תאיים ו-patch clamp. VII. רעשים במערכות אלקטרופיזיולוגיות ודרכים להפחטתם. התניית האות (signal (conditioning. VIII. חומרה לרכישת נתונים data acquisition)). המרת אות אנלוגי לדיגיטלי. IX. תזמון והפעלה של מכשור אלקטרופיזיולוגי. X. מכשור אלקטרופיזיולוגי שונה – מכשירי גירוי (stimulators), בקרי פרפוזיה, בקרי חום. |
| דרישות קדם: פיזיקה (חשמל) נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבחן MULTIPLE CHOICE (אמריקאי) |
|
ספרות:
|
| מבוא לתוכנת R (0431.4627) R workshop |
| פרטי הקורס |
| סדנת R R workshop הקניית עקרונות עבודה בתוכנת R, ויישומם בניתוח סטטיסטי של נתונים. הקורס מיועד לבעלי ידע בסיסי בתפעול המחשב וידע מתקדם בסטטיסטיקה שאינם מתכנתים כבר ב-R, ושנמצאים לקראת שלב ניתוח תוצאות בתהליך המחקר שלהם. • נושאי הסדנא: הכרה של התוכנה • עבודה עם מסד נתונים לעבודה עם R • עבודה עם קבצי סקריפט • יבוא מסדי נתונים ל-R • התקנת חבילות • ביצוע אנליזות סטטיסטיות בסיסיות ב-R. הוצאת סטטיסטיקות בסיסיות על המסד נתונים, מניפולציות בסיסיות על מסד הנתונים • ביצוע מבחנים סטטיסטים בסיסיים ב-R: מבחני-t ו-ANOVA, רגרסיה, ANCOVA, רגרסיה רבת משתנים, מבחנים א-פרמטרים. • בחירת מודלים ו- AIC • מבחני רנדומיזציה ב-R • פתרון שגיאות נפוצות • שרטוט גרפים בשיטות שונות • סביבות עבודה שונות ב- R • חידושים ב-R • שימוש באינטרנט ככלי עבודה עם R מבנה הסדנא הקורס יכלול 6 ימים מרוכזים של הרצאות פרונטליות ותרגול מעשי ב-R. מספר התלמידים יוגבל לפי זמינות המתרגלים (6 סטודנטים לכל מתרגל). לתלמידים לתואר שלישי תינתן העדפה בקבלה לקורס. דרישות קדם: קורס ביוסטטיסטיקה. ספר הקורס: אין ספר אחד, אך נעזר בעיקר ב- Kabacoff, R. I. 2011. R in action. Data analysis and graphics with R. Manning, Shelter Island. נוכחות חובה הקורס יקנה 3 נקודות הרכב ציון: דרישות הקורס: הערכת מדריך על התרגולים ועל השתתפות פעילה בכיתה (15%), מטלת סיום, (85%). מטלת סיום: כתיבת עבודה כולל ניתוח סטטיסטי של מסד נתונים ויצירת גרפים ב-R. העבודה תוגש שבוע לאחר הסדנה. |
|
דרישות קדם: אין
|
| מה-DNA לאוכלוסיה (0453.3394) From the DNA to the population |
| פרטי הקורס |
| מטרת הקורס: הקורס עוסק בבעיות העיקריות של הכפלת החומר הגנטי והתרבות של תאים, יצורים חיים ואוכלוסיות . • בקרה גנטית על מחזור התא (פרוקריוטים ואוקריוטים). • גנטיקה של התמיינות והתפתחות (פרוקריוטים ואוקריוטים). • טרנספוזונים (פרוקריוטים ואוקריוטים). • גנטיקה של אוכלוסיות. • גנטיקה של תכונות כמותיות. • אבולוציה. |
| הרכב ציון: במסגרת הקורס ידונו התלמידים על מספר מאמרים. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| מידול של מערכות ביולוגיות (0421.3815) Modeling of Biological Networks |
| פרטי הקורס |
| תיאור הקורס: תאים צריכים לקבל החלטות לעתים קרובות - אם להתחלק או להתמיין, איך ומתי להגיב ללחץ חיצוני, או כיצד לתאם שינוי עם תאים סמוכים. גנים, חלבונים ומולקולות איתות רבים מוקדשים לתהליכי קבלת החלטות כאלה. מידע רלוונטי מן הסביבה החיצונית והפנימית של התא עובר עיבוד על ידי רשתות גנטיות תוך-תאיות, אשר בסופו של דבר מייצרות את התגובות המתאימות. בעקבות זיהויים של מרכיבים רבים מרשתות אלה בגישות של ביולוגיה מולקולרית וגנומיקה, תשומת לב רבה מופנית להבנת מאפיינים כמותיים של הרשתות וכיצד הן מובילות ליצירת התהליכים התאיים הנצפים. ביולוגיה של מערכות מנסה לענות על השאלות האלה באמצעות גישה המשלבת ראייה אינטגרטיבית של עיבוד תאי עם מושגי יסוד של בקרה מן ההנדסה. בקורס נציג מושגים אלה באמצעות ניתוח של דוגמאות ספציפיות ממערכות ביולוגיות. כמו-כן נציג מספר כלים מתמטיים לניתוח של רשתות גנטיות, ונשלב התנסות בסימולציות פשוטות באמצעות MATLAB. באמצעות מערכות ספציפיות כגון החלטות התמיינות בשמרים וחיידקים, גרדיאנטים של מורפוגן בזבוב, ויצירת תבניות מרחביות בהתפתחות על-ידי מערכת Notch-Delta נציג מושגים בסיסיים בקבלת החלטות ותגובה תאית, כגון: * יחסי קלט פלט בהתמרת אותות * מצבים תאיים ושינויי מצב * משוב שלילי וחיובי * עמידות ושונות * היווצרות תבניות מרחביות * תנודות מחזוריות * שיווי משקל, יציבות, אגני משיכה * דינמיקה ביולוגית מורכבת, כאוס * מודלי נוירונים: Hodgkin-Huxley, Fitzugh-Nagumo קהל היעד הקורס מיועד הן לתלמידי ביולוגיה המתעניינים בהיבטים כמותיים של בקרה, כמו גם לתלמידי פיזיקה, כימיה, והנדסה המעוניינים במחקר בינתחומי בממשק עם ביולוגיה. הקורס פתוח לתלמידי שנה שלישית ולתארים מתקדמים. |
| דרישות קדם: ידע בסיסי של Matlab או לקיחה במקביל עם קורס מבוא ל-Matlab. ידע ברמת קורס בסיסי בביולוגיה מולקולארית. ידע באלגברה לינארית ומשוואות דיפרנציאליות ברמת קורס מתמטיקה מורחב (0455.1814 או 0455.2814). נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבוסס על מבחן סופי (בכתב) ו-3 תרגילים. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| מנגנוני קטליזה אנזימטית (0421.3814) MECHANISMS OF ENZYMATIC CATALYSIS |
| פרטי הקורס |
| שאלת הקורס: כיצד אנזימים מזרזים ריאקציות ביוכימיות? • התאוריה ועקרונות הקטליזה האנזימטית • גישות ניסוייות לחקר האתר הפעיל • דוגמאות למנגנוני אנזימים: פרוטאזות, פוספטזות, חלבוני G... • תכנון תרופות המבוסס על מנגנון קטליזה • סדנא ממוחשבת – הכרות האתר הפעיל הקורס פתוח לתלמידי שנה ג’ מצטיינים על-פי אישור המרצה. |
| דרישות קדם: כימיה אורגנית, כימיה פיסיקלית, ביוכימיה א’ נוכחות חובה |
| הרכב ציון: הבחינה עם חומר פתוח. הציון מגן כולל 10% נוכחות, 10% הגשת תרגילים ו-10% בוחן |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| מנגנונים מולקולריים ותפקודיים של סינפטופתיות (0421.4117) Molecular and functional mechanisms of synaptic pathologies |
| פרטי הקורס |
| 1. Synapses – Introduction 2. Synapse formation animal models 3. Regulation of neuronal protein clustering at the synapses 4. Role of adhesion and secreted molecules in synaptic differentiation 5. Transport of synaptic proteins 6. Synaptic cytoskeleton and morphogenic signaling 7. Signaling from synapses to nucleus and back 8. Synaptogenesis as a correlate of activity induced plasticity 9. Activity dependent regulation of neurotrophins 10. Molecular Mechanism of Neuronal Death 11. Vitamin deficiency and synaptopathies 12. Protein misfolding associated with synaptic dysfunction 13. Monoamine Transporter Pathologies 14. Glutamate and glutamine related disorders 15. Schizophrenia: complexins, SNAP25 16. Autism: excitatory and inhibitory imbalance; role of neruoligins 17. Altered synaptogenesis in depression 18. Age-related synaptic alterations in neocortex and hippocampus 19. Fragile synapses: Fragile X syndrome 20. Synapse abnormalities in Huntington disease 21. Seizure-Induced synaptic plasticity 22. Synaptic plasticity in addiction 23. Synaptic plasticity and neuropathic pain 24. Post-synaptic dysfunctions 25. Interference peptides |
| דרישות קדם: Cell biology, introduction to physiology, cell physiology, general physiology of neurons (excitability and synapses) נוכחות חובה |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| מסלולים עצביים (0491.3226) Neural Pathways |
| פרטי הקורס |
| מטרות הקורס: 1. הבנת המושג מסילה עצבית וסוגי מסילות עצביות ומהי קישוריות מבנית 2. הקנית הידע לגבי המסילות העצביות שמחברות אזורים קורטיקלים שונים 3. מהם הכלים לחקר מסילות עצביות 4. נוירוביולוגיה של מסילות עצביות 5. הקשר בין מבנה המסילות לתפקוד והתנהגות תוכן ומבנה הקורס: חלק 1: הקדמה: מהי מסילה עצבית ומהי קישוריות מבנית מהו החומר הלבן ואיך חוקרים אותו (2 שעות) חלק 2: שיטות לחקר מסילות עצביות: היסטולוגיה, fiber tracking MRI, tract-tracer (3 שעות) חלק 3: חלוקת המסילות לפי האזורים הקורטיקלים אותם הן מחברות - יודגשו סיבי ההיפוקמפוס, המערכת המוטורית והראייתית (3 שעות) חלק 4: הקשרים תפקודים והתנהגותיים של מסילות עצביות: יודגשו הקורפוס קלוסום, והאינטרנל קפסולה (4 שעות) חלק 5: במהלך הסמסטר יבחר כל סטודנט יעשה עבודה על מחקר (מהשנים האחרונות) אנטומי/פיסיולוגי/התנהגותי הקשור למסילה ספציפית אשר לא כוסה במהלך הקורס. ויציג אותה במשך 12 דקות. |
| דרישות קדם: מיפוי המוח ודימות מוחי, נוירואנטומיה, נוירוביולוגיה. נוכחות חובה |
| הרכב ציון: ציון גמר הקורס יהיה מורכב מציון על בחינה בפורמט משולב של שאלות רבות בחירה + שאלות פתוחות (80%) + 20% על הצגת מאמר מחקר בנושא. |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| מעבדה מולקולארית-שיבוט (0491.6301) Molecular Lab - Cloning |
| פרטי הקורס |
| הקורס מיועד לסטודנטים לתואר שני שמעוניינים להתנסות בתהליך התכנון והביצוע של שיבוט מקטעי דנ”א. 2 שעות סמסטריאליות שיועברו באופן מרוכז ב-5 ימים במהלך חופשת הקיץ. נושאי הקורס: I. הסבר כללי על מבנה פלסמידים, מטרות השיבוט ומשתנים שיש להתחשב בהם. מעשי: ביצוע PCR וחיתוכי דנ”א לצורך שיבוט. II. תכנון פריימרים וריאקציות PCR. מעשי: הרצה בג’ל וניקוי מקטעים, פוספאטאז, ליגאציה. III. ריבוי דנ”א בחיידקים והפקתו, אמצעים לוולידציה של הדנ”א המתקבל. מעשי: טרנספורמציה. IV. המשך אמצעי וולידציה, רצפים. מעשי: Colony PCR עם כיווניות. V. כלים ביואינפורמטיים, השוואות רצפים, כרומטוגרמות. סיכום התהליך ופתרון בעיות. שימושים אפשריים לפלסמיד התוצאה. |
| דרישות קדם: ביוכימיה של חומצות גרעין וביולוגיה מולקולרית נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| נושאים נבחרים בגנטיקה עכשווית (0453.3397) Topics in present day genetics |
| פרטי הקורס |
| קורס זה מהווה סמינריון למסלול בגנטיקה. בקורס יידונו נושאים עכשוויים בגנטיקה, יקראו מאמרים עדכניים בתחום, ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. הציון ינתן על סמך השתתפות והרצאות של הסטודנטים |
| הרכב ציון: הציון ינתן על סמך השתתפות והרצאות של הסטודנטים |
| נושאים נבחרים בגנטיקה עכשווית (0453.4397) Topics in present day genetics |
| פרטי הקורס |
| קורס זה מהווה סמינריון למסלול בגנטיקה. בקורס יידונו נושאים עכשוויים בגנטיקה, יקראו מאמרים עדכניים בתחום, ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. הציון ינתן על סמך השתתפות והרצאה. |
| נושאים נבחרים בנוירוביולוגיה (0491.3221) Selected Topics in Neurobiology |
| פרטי הקורס |
| • מנגנוני העברת סיגנלים • מוות תאי מתוכנת • ביולוגיה של ממברנת התא • מחלות נוירודגנרטיביות • תהליכי התפתחות במערכת העצבים • גישות מולקולריות לתכנון תרופות |
|
הרכב ציון:
|
| נושאים עכשוויים במיקרוביולוגיה (0453.3395) Topics in present day Microbiology |
| פרטי הקורס |
| הקורס יתנהל כקבוצת דיון על נושאים במיקרוביולוגיה (רפואית, אקולוגית, תעשייתית). תינתן עדיפות לסטודנטים שלומדים במסלול למיקרוביולוגיה. חובת הקרוס היא הצגת מאמר מדעי. |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
| הרכב ציון: הגשת סמינר על מאמר מדעי |
| נושאים עכשוויים במיקרוביולוגיה (0453.4395) Topics in present day Microbiology |
| פרטי הקורס |
| הקורס יתנהל כקבוצת דיון על נושאים במיקרוביולוגיה (רפואית, אקולוגית, תעשייתית). תינתן עדיפות לסטודנטים שלומדים במסלול למיקרוביולוגיה. |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| סדנת שיטות מחקר בנוירופיזיולוגיה (0491.6000) Workshop in neurophysiology |
| פרטי הקורס |
| נושאים מרכזיים שיכללו בקורס: הקורס מתרכז בשיטת רישום אלקטרופיסיולוגית והדמייה in vitro : שיטות רישום מתאים:EPSC/IPSC, Current Clamp, Voltage Clamp ,קיבול ממברנה הדמייה: FRET, TIRF, מדידות סידן, צבענים שונים, אנליזה ספקטרלית FM-dyes הקורס כולל 2 שעות הרצאה סמסטריאלית (סמ’ ב’) וסדנת מעבדה מרוכזת במשך שבוע במהלך הקיץ שתכלול הדגמות ורישומים מנוירונים, צביעות פלואורסנטיות ומדידת פעילות מנוירונים. הקורס מוגבל לסטודנטים לדוקטורט מלימודי מדעי המוח וסטודנטים לתארים מתקדמים העוסקים באלקטרופיסיולוגיה ונוירופיסיולוגיה. הקורס יפתח אם ירשמו מינימום 8 סטודנטים |
| מס תלמידים: 16 |
| דרישות קדם: קורס מבוא לנוירוביולוגיה ו/ או מבוא למדעי העצב נוכחות חובה |
| הרכב ציון: מבחן על החלק התיאורטי – 70% דו”ח על סדנת הרישום - 30% |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| סמינר מחקר בביוכימיה (0421.4998) M.Sc. Seminar in Biochemistry |
| פרטי הקורס |
| התלמידים יציגו הצעת מחקר בשנה א’, וסיכום תוצאות המחקר לקראת סיום שנה ב’. |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| סמינר מחקר בביוכימיה (0421.4999) M.Sc. Seminar in Biochemistry |
| פרטי הקורס |
| התלמידים יציגו הצעת מחקר בשנה א’, וסיכום תוצאות המחקר לקראת סיום שנה ב’. |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| סמינר מל"מ א' בזואולוגיה (0431.4998) M.Sc. Seminar in Zoology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בזואולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחום זה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר מל"מ א' בחקר התא (0452.4109) M.Sc. Seminar in Cell Research & Immunology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בחקר התא ואימונולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחומים אלה, ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר מל"מ א' במדעי הצמח (0411.4998) M.Sc. Seminar in Plant Sciences |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים במדעי הצמח. ינותחו מאמרים עדכניים בתחום זה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. חובה להגיש סימנריון בשנה שניה של לימודי המוסמך |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| סמינר מל"מ א' במיקרוביולוגיה מולקולרית וביוטכנולוגיה (0453.4109) M.Sc. Seminar in Molecular Microbiology & Biotechnology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים במיקרוביולוגיה מולקולרית ובביוטכנולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחומים אלה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
| דרישות קדם: ניסיון נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר מל"מ א' בנוירוביוכימיה (0491.4998) M.Sc. Seminar in Neurobiochemistry |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בנוירוביוכימיה ינותחו מאמרים עדכניים בתחומים אלה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
דרישות קדם: מיועד לתלמידי המסלול בנוירוביולוגיה
|
| סמינר מל"מ ב' בזואולוגיה (0431.4999) M.Sc. Seminar in Zoology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בזואולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחום זה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר מל"מ ב' בחקר התא (0452.4110) M.Sc. Seminar in Cell Research & Immunology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בחקר התא ואימונולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחומים אלה, ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר מל"מ ב' במדעי הצמח (0411.4999) M.Sc. Seminar in Plant Sciences |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים במדעי הצמח. ינותחו מאמרים עדכניים בתחום זה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| סמינר מל"מ ב' במיקרוביולוגיה מולקולרית וביוטכנולוגיה (0453.4110) M.Sc. Seminar in Molecular Microbiology & Biotechnology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים במיקרוביולוגיה מולקולרית ובביוטכנולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחומים אלה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר מל"מ ב' בנוירוביוכימיה (0491.4999) M.Sc. Seminar in Neurobiochemistry |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בנוירוביוכימיה ינותחו מאמרים עדכניים בתחומים אלה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
דרישות קדם: מיועד לתואר שני במחלקה לנורוביוכמיה
|
| סמינר מל"מ בזואולוגיה לאקולוגים (0431.4997) M.Sc. Seminar in Zoology |
| פרטי הקורס |
| יידונו נושאים עכשוויים בזואולוגיה. ינותחו מאמרים עדכניים בתחום זה ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| סמינר נושאים בגנטיקה מערכתית חישובית (0452.0468) Systems Genetics |
| פרטי הקורס |
| הסמינר יתמקד בשיטות לניבוי חישובי של הבסיס הגנטי לשונות פנוטיפית. הסמינר יעסוק בגישות המשלבות כלים בגנטיקה עם שיטות מתחום הביולוגיה של מערכות על מנת להצליח ולשייך גנוטיפים לפנוטיפים של מחלות. כל סטודנט יידרש להרצות פעמיים במהלך הסמינר. נושאים: פגישות 1-2: גנטיקה מערכתית (Systems Genetics) פגישות 3-4: ניבוי השפעת שונות גנטית על פונקציה בעזרת שילוב אינפורמציה ממקורות שונים פגישות 5-6: ניבוי אינטראקציות (gene-gene; gene-environment) פגישות 7-9: ניצול של נתונים מסוג RNA-sequencing and ChIP-Seq בגנטיקה מערכתית פגישות 10-11: ניצול של רשתות אינטראקציה בגנטיקה מערכתית פגישות 12-13: ניצול של רקמות מרובות בגנטיקה מערכתית |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| סמינר נושאים נבחרים בביולוגיה תאורטית ומתמטית (0400.4205) Topics in theoretical and mathematical biology |
| פרטי הקורס |
| קורס זה מהווה סמינריון המסלול בביולוגיה תאורטית ומתימטית . בקורס יידונו נושאים עכשוויים בביולוגיה תיאורטית, יקראו מאמרים בתחום, ויתקיים דיון מעמיק בעבודות המחקר של התלמידים. |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
הרכב ציון:
|
| עולם הפטריות (0119.5640) עולם הפטריות |
| פרטי הקורס |
| ד"ר ניר אושרוב (המחלקה למיקרוביולוגיה הומנית, בית הספר לרפואה) פרופ' עמיר שרון (המחלקה למדעי הצמח, הפקולטה למדעי החיים) הקורס פתוח לתלמידי שנה ג' ותלמידים לתארים מתקדמים תכנית הקורס: • מבוא כללי ממלכת הפטריות: אקולוגיה, השפעות על האדם, ביוטכנולוגיה, קלסיפיקציה וסיסטמאטיקה, צורות הזנה, גדילה ומורפולוגיה, מחזור חיים • רביה מינית ואל מינית, אנליזה גנטית, ואנליזה ומולקולארית: מחזורי חיים בפטריות מקבוצת הזיגומיצטים, אסקומיצטים, בזידיומיצטים; גנטיקה וגנטיקה מולקולארית של פטריות • פתוגנים של האדם (ניר אושרוב): o מבוא: סקירה כללית על פטריות פתוגניות לבני אדם o דרמטופיטים וזיהומים תת עוריים: ביולוגיה, קלסיפיקציה, פתוגניות, מחלות ודרכי טיפול, מחקרים מולקולאריים o פתוגנים אופורטוניסטיים – קנדידה וקריפטוקוקוס: ביולוגיה, קלסיפיקציה, פתוגניות, מחלות ודרכי טיפול, מחקרים מולקולאריים o פתוגנים אופורטוניסטיים – אספרגילוס ועובשים אחרים: ביולוגיה, קלסיפיקציה, פתוגניות, מחלות ודרכי טיפול, מחקרים מולקולאריים o עמידות לחומרים אנטי- פטרייתיים: קבוצות עיקריות של תכשירים, מנגנוני פעולה, שיטות וגישות חדשניות לטיפול בפטריות • פתוגנים של צמחים (עמיר שרון): o מבוא: דרכי הדבקה, צורות אינטראקציה עם הצמח, אברי הדבקה, פתוגנים מוכרים, גורמי אלימות, מנגנוני הגנה של הצמח o פתוגנים נקרוטרופים: ביולוגיה, מאפייני מחלות, מחזור חיים, אסטרטגית מחלה, אנזימים, טוקסינים o פתוגנים ביוטרופים: ביולוגיה, מאפייני מחלות, מחזור חיים, אסטרטגיית מחלה, דיכוי מערכות ההגנה של הצמח, מוות תאי מתוכנת |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| עקרון ה-Hologenome : תפקיד ה –microbiota בהתאמה והאבולוציה של האדם החי והצומח (0453.4115) The hologenome concept: role of microbiota in the fitness and evolution of humans, animals and plants |
| פרטי הקורס |
| Suggested graduate course to be given by Prof. Eugene Rosenberg Course title: “The hologenome concept: role of microbiota in the fitness and evolution of humans, animals and plants” "עקרון ה-Hologenome : תפקיד ה –microbiota בהתאמה והאבולוציה של האדם החי והצומח" Time: One lecture hour per week, fall semester Course outline: We are in the midst of a paradigm change in biology. Ground-breaking research over the last 15 years has given rise to the hologenome concept. This concept posits that the holobiont (host plus all of its associated microorganisms) and its hologenome (sum of the genetic information of the host and its symbiotic microorganisms), acting in concert, function as a unique biological entity and therefore as a level of selection in evolution. All animals and plants harbour abundant and diverse microbiota, including viruses. Often the amount of symbiotic microorganisms and their combined genetic information far exceed that of their host. The microbiota with its microbiome, together with the host genome, can be transmitted from one generation to the next and thus propagate the unique properties of the holobiont. The microbial symbionts and the host interact in a cooperative way that affects the health of the holobiont within its environment. Beneficial microbiota protects against pathogens, provides essential nutrients, catabolizes complex polysaccharides, renders harmful chemicals inert, and contributes to the performance of the immune system. In humans and animals, the microbiota also plays a role in behavior. The sum of these cooperative interactions characterizes the holobiont as a unique biological entity. Genetic variation in the hologenome can be brought about by changes in either the host genome or the microbial population genomes (microbiome). Evolution by cooperation can occur by amplifying existing microbes, gaining novel microbiota and by acquiring microbial and viral genes by HGT. Under environmental stress, the microbiome can change more rapidly and in response to more processes than the host organism alone and thus influences the evolution of the holobiont. Prebiotics, probiotics, synbiotics and phage therapy are applied aspects of the hologenome concept. The theoretical and experimental studies that will be discussed in the proposed course should be of interest to graduate students in all Departments of the Faculty of Life Science because of its interdisciplinary nature. The following is a tentative list of lecture subjects: 1. Introduction: Symbioses and the Hologenome Concept History The hologenome concept Concepts and definitions 2. Origin of Prokaryotes and Eukaryotes Speculation on the origin of protocells Origin of prokaryotes and eukaryotes Origin of viruses Origin of multicellar organisms 3. Abundance and Diversity of Microbiota Microbiota of invertebrates Microbiota of vertebrates Microbiota of plants Factors that affect abundance and diversity of microbiota 4. Microbiotas are Transmitted between Holobiont Generations Invertebrates Vertebrates Plants Transmission of microbiota and social behavior of holobionts 5. Microbiotas are Part of Holobiont Fitness Microbiotas protect against pathogens Microbiotas provide nutrients to their hosts Microbiotas influence animal and plant development Obesity Microbiotas influence holobiont behavior Bacteria play a role in mating preference Microbiotas detoxify toxic substances Temperature adaptation 6. Variation in Holobionts Darwinism and Lamarckism Modes of variation within holobionts Microbial amplification Acquisition of novel symbionts Horizontal gene transfer Acquisition of novel symbionts and the “hygiene hypothesis” 7. Viruses are part of the Holobiont`s Fitness and Evolution Abundance and diversity of viruses in holobionts Transmission of viruses Viruses are part of the fitness and evolution of |
|
דרישות קדם: אין
|
| עקרונות ושימוש של שיטות פיזיקליות בביולוגיה (0453.4105) Physical Methods in Biology: Principles and Applications |
| פרטי הקורס |
עקרונות ושימוש של שיטות פיזיקליות בביולוגיה (0453.4105) Physical Methods in Biology: Principles and Applications סקירה על העקרונות עליהם מבוססות שיטות מדידה ואפיון פיסיקליות שונות, תוך הדגמה של יישום שיטות אלה בביולוגיה. הדיון יתרכז בעיקר בשטחים הבאים: שיטות אופטיות - ספקטרוסקופיה מס- ספקרומטריה קריסטלוגרפיה בקרניי X כרומטוגרפיה שיטות הידרודינמיות דרישות קדם: אין נוכחות חובה מטלת סיום: בחינה בכתב |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| עקרונות סטטיסטיים בניסויים (0400.6000) Statistics |
| פרטי הקורס |
| נושאי הקורס: 1. סטטיסטיקה תיאורית: מדדי מיקום, פיזור וקשר. שיטות גראפיות לסיכום נתונים. 2. הסתברות: התפלגות נורמלית ומשפט הגבול המרכזי. 3. השוואת קבוצות: בדיקת השערות ורווחים למדגם אחד ולשני מדגמים (ב"ת ומזווג). מבחן פירסון לאי-תלות ויישום לפרופורציות. שיטות א-פרמטריות להשוואה. 4. ניתוח שונות חד ודו-כווני. בעיית המרובות. 5. רגרסיה: קווית ומרובה. בדיקת טיב המודל. טרנספורמציות ורגרסיה לוגיסטית. 6. אם יוותר זמן: תצפיות חוזרות ומודל מעורב. הקורס ישים דגש על חשיבה סטטיסטית, שיקולים שיש לעשות בזמן תכנון ניסויים, ומגבלות השיטות הנלמדות. התרגולים יכללו הדרכה לתוכנה סטטיסטית. |
| הרכב ציון: חובות הקורס: שעורי בית שבועיים (חלקם תוך שימוש בתוכנה). הציון יתבסס על מבחן סופי והגשת תרגילים. פטור מהקורס: על סמך 2 קורסים קודמים בסטטיסטיקה: קורס בסיסי וקורס מתקדם שחופף לסילבוס הקורס. לקבלת הפטור יש להגיש למרצה סילבוסים של הקורסים שנלמדו וגליון ציונים. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| פרקים נבחרים במדעי הצמח א' (0411.4614) פרקים נבחרים במדעי הצמח |
| פרטי הקורס |
| בקורס יידונו נושאים חדשניים עדכניים בביולוגיה של צמחים הכוללים: ביולוגיה התפתחותי, מבנה התא הצמחי, אינטראקציה בין צמחים לפתוגנים, תגובת הצמח לתנאי הסביבה ועקות ביוטיות, אקולוגיה של צמחים. * דרישות מוקדמות- אחד מתוך שני קורסי המובא למדעי הצמח : 1) מבוא למדעי הצמח או 2) פיסיולוגיה של הצמח. * היקף כל קורס יהיה 2 ש"ס * ציון סופי יקבע ע"י מבחן והערכת המרצים. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| פרקים נבחרים במדעי הצמח ב' (0411.4615) פרקים נבחרים במדעי הצמח |
| פרטי הקורס |
| בקורס יידונו נושאים חדשניים עדכניים בביולוגיה של צמחים הכוללים: ביולוגיה התפתחותי, מבנה התא הצמחי, אינטראקציה בין צמחים לפתוגנים, תגובת הצמח לתנאי הסביבה ועקות ביוטיות, אקולוגיה של צמחים. * דרישות מוקדמות- אחד מתוך שני קורסי המובא למדעי הצמח : 1) מבוא למדעי הצמח או 2) פיסיולוגיה של הצמח. * היקף כל קורס יהיה 2 ש”ס * ציון סופי יקבע ע”י מבחן והערכת המרצים. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| קריסטולוגרפיה מעשית של חלבונים (0453.4001) Practical Protein Crystallography |
| פרטי הקורס |
| הקורס יתמקד בהיבטים העיוניים והמעשיים החיוניים לקביעת מבנה תלת ממדי של החלבונים: • גיבוש • הכנת נגזרות של אטומים כבדים • איסוף נתוני עקיפת קרני הרנטגן • קביעת המבנה בעזרת SAD • שפור המבנה בעזרת CCP4 וPHENIX • אנליזה של המבנה בעזרת PyMOL וCOOT |
| דרישות קדם: אין נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: עבודה\פרויקט
|
| שיטות בביולוגיה מבנית (0421.3804) Methods in Structural Biology |
| פרטי הקורס |
| X-ray diffraction methods Electron diffraction and microscopy Scattering (X-ray, light) methods Calorimetry Joel Hirsch 11 weeks Solution methods analytical centrifugation chromatography electrophoresis, crosslinking Abed Azem 2 weeks Academic credit: 3 hrs; 2 hrs – lecture, problem sets and literature analysis Course material: http://moodle.tau.ac.il Contact: jhirsch@post.tau.ac.il Textbooks: K. van Holde, W.C. Johnson, P.S. Ho, Principles of Physical Biochemistry, Prentice Hall (2006) C. R. Cantor and P. R. Schimmel, Biophysical Chemistry, WH Freeman and Co. (1980), The course will be taught in English |
| הרכב ציון: מבחן + תרגילים + עבודה. הקורס ינתן באנגלית |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| שיטות בביולוגיה מבנית ב' (0421.3380) Methods in Structural Biology B |
| פרטי הקורס |
| - Introduction to spectroscopy - Absorbance spectroscopy - FTIR spectroscopy - CD spectroscopy - Fluorescence spectroscopy - NMR spectroscopy - Mass spectrometry - Calorimetry |
| מטלת סיום: בחינה בכתב |
|
ספרות:
|
| שיטות בסיסיות בביולוגיה של התא ובביולוגיה מולקולרית (0452.3117) Basic techniques in molecular and cellular biology |
| פרטי הקורס |
| הקורס יסקור מגוון שיטות לאנליזה של DNA, RNA וחלבונים: הכנת cDNA, ספריות cDNA וספריות גנומיות, מיפוי מקטעי גנים, אנליזה מיחשובית של רצפים, וקטורים ותאים לביטוי הטרולוגי של גנים, מודלים אנימליים, סימון DNA במבחנה, אימונופרסיפיטציה של כרומטין, אינטראקציה בין RNA לחלבונים, הכנה ושימוש בנוגדנים, אימונופרסיפיטציה, אנליזת western, מעקב אחרי חלבונים בתא, סימון חלבונים בנתבים פלואוריסצנטיים, אינטראקציות בין חלבונים, מיקרוסקופיה קונפולית ואלקטרונית, אנליזות בעזרת FACS. ספריות אפיטופים. כמו כן הקורס יכלול ביקורים במעבדות מחקר ובמעבדת הדמיה (רשות). |
| מס תלמידים: 35 |
| דרישות קדם: אין דרישות קדם נוכחות חובה |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| שמירת יציבות הגנום במצבי בריאות וחולי (0114.6565) |
| פרטי הקורס |
| ניתן למצוא את הסילבוס המלא של הקורס בידיעון של הפקולטה לרפואה |
| שעונים ביולוגיים (0431.4628) שעונים ביולוגיים |
| פרטי הקורס |
הסטוריה של התחום ומושגי יסוד הזמן כמשאב וחלוקת זמן בטבע מחזורים יממתיים (צירקאדים) מחזורי גאות ושפל מחזורים שנתיים הבסיס המולקולארי של השעון הצירקאדי שעון מרכזי ושעונים פריפריאלים מהעין לבלוטת הפינאל ומלטונין קליטת אור זיהום אור חקר השינה השעון הצירקאדי, מטבוליזם וחלוקת התא השעון הביולוגי ובריאות האדם שעונים בחרקים חברתיים שעונים צירקאדים בצמחים חקר השעון המולקולארי בעידן הפוסט-גנומי |
| דרישות קדם: אין |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| תגובות צמחים לעקות אביוטיות (0411.4002) Reponses to Abiotic Stress |
| פרטי הקורס |
| 04114002 - Course 2: Plant Reponses to Abiotic Stress, taught by Prof. Hillel Fromm (in conjunction with other iCore professors from HUJI, Weizmann and Ben Gurion) – 2 points (1 week, 5.5 hours / day) This course will provide advanced information on the reactions of plants to environmental stress factors. Emphasis will be placed on understanding the integration of environmental stress pathways with endogenous plant signaling and growth pathways. The course will consist of lectures, discussion on selected papers, and student presentations. A final exam will be conducted at the end of the course. Course Schedule: Day 1: Plants growth and development Day 2: Hormone effect on plant growth Day 3: Abiotic stresses Day 4: Light stress Day 5: Water and salt stress Day 6: Heat stress |
|
דרישות קדם: אין
|
| תהליכי הפרדה לתוצריים ביולוגיים (0453.3391) SEPARATION PROCESSES FOR BIOLOGICAL PRODUCTS |
| פרטי הקורס |
| • לימוד של טכנולוגיות ההפרדה המתקדמות המשמשות או שתשמשנה בקנה מידה מעבדתי ותעשייתי את דור המוצרים של הביוטכנולוגיה המודרנית, עם דגש על הפרדות חלבונים בעלי פעילות ביולוגית • מבנה חלבונים, תכונותיהם, כוחות אינטרמולקולריים ואינטראקציות בין מולקולריות • מבוא לתהליכי פרמנטציה והפרדה • איסוף תאים ((cell recovery ושבירתם • אסטרטגיות של protein recovery • שיטות השקעה ואגרגציה • הפרדות אלקטרוקינטיות • תהליכים ממברנליים • מיצוי בין-פזי של ביופולימרים • גישות תעשיתיות ל- recovery של מוצרים של תהליכים ביוטכנולוגים |
| הרכב ציון: בתום הקורס ייערך סיור מסכם לשני מפעלים המשתמשים בטכנולוגיות אשר יידונו בקורס. |
|
מטלת סיום: בחינה בכתב
|
| תכנות PYTHON לביולוגים (0411.3122) תכנות Python לביולוגים |
| פרטי הקורס |
| סילבוס - תכנות Python לביולוגים הקורס מיועד לסטודנטים לתואר שני בביולוגיה מעוניינים בהרחבת הידע והכישורים שלהם בתכנות וביולוגיה חישובית. הקורס ישלב לימוד מעשי בשפת התכנות Python עם הבנת מודלים חישוביים וניתוח של נתונים ביולוגיים, כגון ניתוח רצפים, פילוגנזה, מודלים מתמטיים של תהליכים ביולוגיים, ויזואליזציה של תוצאות ותצפיות וניתוחים סטטיסטיים. תנאים מוקדמים: אין. הרכב הציון: בחינה 50%, פרוייקט ומצגת 50%. מנחים אקדמיים: פרופ 'לילך הדני וד"ר איתי מירוז. הקורס יועברו על ידי עוזרי הוראה (דוקטורנט ומסטרנט). תכנית מפורטת: # Subject Programming Biology 1 Basic programming Variables, operators, flow control (if, for, while) 2 Data structures List, string, dictionary Sequences (DNA, AA) 3 Computer lab String matching with regular expressions Sequences 4 Functions Arguments, return values, scope, basic recursion Modeling population growth 5 Computer lab Input and output - files, web Reading biological data from files and from web resources 6 Linear algebra Arrays and matrices, solving systems of linear equations Scientific programming libraries - Numpy and Scipy - Population genetics models - Networks (metabolic, protein-protein, gene, food webs) 7 Probability Random variables - Molecular dynamics with drift (Gillespie algorithm) - Agent based simulations 8 Calculus Differentiation and integration, Monte Carlo method for integration, systems of differential equations - Population dynamics (Lotka-Volterra, predator-prey) - Pattern formation (diffusion) 9 Statistics Hypothesis testing, linear regression, general linear models Handling datasets with split-apply-combine, Statistics libraries: pandas scipy.stats, statsmodels Loading biological data and performing statistical analysis 10 Visualization Generating publication-level plots with the matplotlib library Loading biological data and plotting it 11 Computer lab Students will work on their own projects with instructors supervision 12 13 14 Project presentations |
|
דרישות קדם: אין
|
| תכנית מחקר בזואולוגיה (0431.4621) Research Proposal |
| פרטי הקורס |
|
תכנית הקורס:
|
