קורסים חופפים הם קורסים בעלי תוכן זהה או דומה במידה ניכרת הניתנים ביחידות לימוד שונות (בפקולטה או מחוצה לה).
תלמיד, שבתכנית לימודיו כלולים קורסי חובה חופפים, חייב לקבל פטור מאחד מהם.